Un tratado de paz ha sido firmado por los cuatro países del mundo, pero Cid Aulstyne ha enviado a sus soldados l´Cie a la guerra con los países vecinos.
Con la conquista de Lorica con el objetivo de su cristal, el ejército Milites centra su ataque sobre el Reino de Concordia y el Feudo Suzaku de Rubrum.
Sin embargo, por razones desconocidas, el cristal de Suzaku que mantuvo a araya al ejército de Milites en Rubrum, dejó a la nación vulnerable al ataque, viéndose obligados a rendirse. A pesar de todo, aún con la posesión de los poderes que les otorgaron los cristales, los estudiantes de la Clase Zero se niegan a rendirse y se disponen a luchar.
En la Akademeia Rubrum, los cadetes se dividen en doce clases basadas en su experiencia mágica. Kurasame Susaya siente que está perdiendo el tiempo con los inmaduros cadetes de la Tercera Clase, por lo que se esfuerza por ser parte de las misiones reales con la élite Primera Clase, donde los cadetes se toman sus roles más en serio. Con la propuesta de una prueba de coraje, Kurasame comienza a ver a su clase más que una panda de idiotas perezosos, pero sus posibilidades de ser parte de la clase se esfuman después de la tragedia.
Como resultado del desastre, Kurasame y sus de sus compañeros de clase Miwa, Guren y Kotetsu se unen para ayudarse mutuamente para defender Rubrum de las tropas enemigas.
