La segunda entrega del juego se lanzó en 2002 y presentaba multitud de nuevas características, con las que cobraba forma el núcleo central de la franquicia hasta convertirlo en lo que lo millones de jugadores.
Introdujo el reconocido ranking de “Asesino Silencioso”, recompensando a los jugadores que pasaran prácticamente desapercibidos: únicamente llevando a cabo las misiones sin ser visto por nadie más.
El juego añadía el medidor de atención, que ofrecía una mejor sensación a la hora de actuar de incógnito y de realizar labores de infiltración. Se convirtió en el primer Agente 47 que era capaz de sedar a la gente con cloroformo.
El Agente 47 se encuentra en el santuario de un antiguo monasterio siciliano, reflexionando sobre su pasado como asesino. Su único amigo y mentor en esa época es el Padre Vittorio, quién acaba siendo secuestrado por la mafia.
Para encontrar a Vittorio, el Agente 47 contacta con su antigua empresa: la ICA. Acuerda volver a trabajar con ellos, si a cambio su antigua responsable en la agencia Diana Burnwood le ayudaba a encontrar el paradero del Padre Vittorio.
Una emocionante Aventura da comienzo, en ella el Agente 47 se sumergirá en un camino que no esperaba: el misterio de su creación.
